Bayer János (Johannes) szegény sorsú polgárcsalád gyermekeként látta meg a napvilágot 1630-ban a felvidéki Eperjesen. A tehetséges ifjút a város tanácsa taníttatta a helyi evangélikus kollégiumban, majd 1653-tól Wittenberg híres-neves egyetemén. 1657-ben magiszteri, majd tanári fokozatot szerzett, és három évig dolgozott segédtanárként a korszak közismert atomista professzorai, Sennert és Sperling mellett filozófiát oktatva. Ezenkívül részt vett, illetve elnökölt nyilvános egyetemi vitákban: 1657 és 1659 között tizennégy olyan filozófiai témájú disszertáció ismeretes, melynek tárgyalásán közreműködött.
1660-ban tért haza a királyi Magyarországra, és egykori líceumában, Eperjesen kezdett tanítani, ahol aztán 1662-től rektorként tevékenykedett. 1665-ben a felvidéki evangélikus rendek a kollégiumot főiskolává kívánták fejleszteni; ennek tervezetét maga Bayer János dolgozta ki. Az ezzel kapcsolatos nehézségek és elmérgesedő viták miatt azonban 1666-ban megszűnt állása szülővárosában. 1667-től az ugyancsak felső-magyarországi bányavárosban, Besztercebányán szolgált evangélikus lelkészként és iskolaigazgatóként, majd 1669-től a cipszerek földjén, Szepesváralján volt lelkipásztor.
Bayer János 1662-ben Kassán kiadott A természet pitvara avagy előcsarnoka (Ostium vel atrium naturae…) című művében is szerepel Hübner Izrael asztronómus 1661-es metszete. A lenyomat arról nevezetes, hogy – a magyar, német és szláv evangélikus templomok mellett – pontosan jelzi az Eperjes egyik emeletes épületének északi szárnyán található fedett teraszt, a nyugati városkapuval szemben álló obszervatóriumot. A metszet – több magyarországi és felvidéki csillagászattörténész véleménye szerint is – Magyarország első csillagdájának hiteles ábrázolása.
Halálával kapcsolatosan több, egymásnak ellentmondó nézet létezik. Az egyik szerint őt is rabságba hurcolták, mivel vállalta a gályarabságra ítélt protestáns papok védelmét. A másik forgatókönyv alapján az 1672-es vallási villongások következtében, nyomorban halt meg. A harmadik variáció szerint visszakapta lelkészi állását, és 1674. május 14-én Szepesváralján hunyt el.
Bayer János 1663-ban kiadott Labirintusi fonál (Filum labyrinthi vel cynosura seu lux mentium universalis…) című könyvében a következőképpen ír az asztronómiáról, a csillagos égbolt megismeréséről: „A világ rendszerének megfigyeléséből származó matematikai tudományok az asztronómia és a belőle sarjadó asztrognózia, kronológia és gnomonika, valamint geográfia. Közülük az első a csillagok mozgását, a második alakzatukat és elhelyezkedésüket, a harmadik a csillagok mozgása által meghatározott időt, a negyedik a csillagokból bizonyos műszerek segítségével megismerhető időt, végül az ötödik a földgömböt vizsgálja. Mindezen tudományok nem előállítani, hanem csak megismerni tanítják tárgyukat, de úgy, hogy újból a lehető legtöbb gyakorlati lehetőséget nyújtsák tárgyuk megismerésére. Innen származik sokféle felhasználási módjuk az emberi életben.” (S. Varga Katalin fordítása)
Az Evangélikus Élet 2005/30. számában megjelent cikk másodközlése
