Március 11-én a Mars Odyssey az üzemeltető mérnökök utasítására leállította, majd újraindította a fedélzeti számítógépét. Erre a műveletetre legutóbb 5 évvel ezelőtt került sor, azóta nem ürítették ki a számítógép memóriáját. A szondát működés közben érő kozmikus sugárzás esetenként képes a memória tartalmának megváltoztatására, ezért van szükség időnként a karbantartásra. Hosszas mérlegelés előzte meg az újraindítást, amelynek során a NASA szakemberei úgy döntöttek, hogy a kissé kockázatos művelet még mindig kisebb veszélyeket rejt, mint az esetlegesen hibás memóriatartalomból adódó üzemzavarok.
Az eredetileg egy nappal korábbra tervezett beavatkozást azért halasztották el, mert március 9-én váratlan hőmérséklet emelkedést észleltek az egyik kameránál. A hiba okaként az egyik fűtőáramkört azonosították, amelyet végül a karbantartás megkezdése előtt kikapcsoltak.
A Mars Odyssey 2001. október 24. óta kering a vörös bolygó körül.
A megfigyeléseken kívül a Mars felszínén dolgozó roverek
átjátszóállomásaként is funkcionál.
A szonda újraindításával a fedélzeti biztonsági rendszer, az ún. "B oldal" is újra működőképessé vált. Ez a rendszer az elsődlegessel megegyező komponensekből áll, azonos processzor, navigációs eszközök, rádió elemek, stb. alkotják. Az Odyssey 2001-es indítása óta nem volt még szükség a tartalék rendszer üzembehelyezésére, 2006 márciusában viszont a "B oldal" energiaelosztó rendszere működésképtelenné vált. A mérnökök a vizsgálatok alapján lehetőséget láttak arra, hogy egy újraindítás a memória karbantartásának mellékhatásaként ezt a problémát is megoldhatja.
"Az elmúlt időszakban nem tudhattuk biztosan, hogy a tartalék rendszerünk szükség esetén használható lenne-e. A mostani sikeres újraindítás után meggyőződhettünk a működőképességéről, és hogy a jövőben is a rendelkezésünkre áll." – mondta Philip Varghese, a NASA JPL projektmenedzsere.
A következő napokban az Odyssey csapata több lépésben, ellenőrzött körülmények között állítja vissza a szonda normál üzemi állapotát. Amennyiben mindent rendben találnak, ettől a héttől folytatódhat a Mars megfigyelése.